Por presuntas irregularidades en el manejo de la deuda pública, mientras fue gobernador encargado de Magdalena, la Procuraduría General abrió investigación disciplinaria contra el general (r) Manuel José Bonett.

Según el Ministerio Público, el general (r) incumplió el pago de una de las cuotas de una deuda por más de 1.500 millones de pesos adquirida por el departamento desde 2005.

La presunta falta de pago, habría generado una mora que terminó afectando el erario del departamento, dado que se generaron costos adicionales en el cobro de intereses.

Por estos mismos hechos, a Ómar Díazgranados, destituido gobernador del departamento y a Carlos Manuel Caviedes, exsecretario de Hacienda de la Gobernación, también se les arbrió una investigación.
El contrato de empréstito fue suscrito por la Nación en favor del departamento el 31 de agosto de 2005.