Luego del sorteo realizado por la DIMAYOR, quedaron definidas las llaves de los cuartos de final de la Liga Águila I – 2017. Los equipos cabezas de serie, es decir los que clasificaron de la posición 1 a la 4, comenzarán sus series como visitantes y cerrarán en casa.

Las llaves quedaron conformadas de la siguiente manera:
Llave A
Jaguares vs. Atl. Nacional
Llave B
Dep. Cali vs. Ind. Medellín
Llave C
América vs. Dep. Pasto
Llave D
Atl. Bucaramanga vs. Millonarios